Weekly outline

  • General

  • 11 April - 17 April

  • 18 April - 24 April

    教科書 第1章

    Japanese version is here.

    • Heredity and gene
      • Define "heredity" and "gene".
      • Difference between "hereditary phenomena" and "genetic phenomena".
    • Reproduction
      • Asexual reproduction and sexual reproduction.
      • Difference among DNA seqs in asexual reproduction and in sexual reproduction; evaluate with simulation.
    • Chromosomes
      • Search information on DNA length of chromosomes in internet.
      • Draw their barplot.
      • What do you want know on the length distribution?
    • Coding gene structure.
    • Locus, allele, haplotype, diplotype, genotype, phenotype.
    • Diallelic locus and 2x3 table for dichotomous phenotypes.
      • Genotypic risk ratio.
        • Additive model and multiplicative model and others.
        • Generalize models with parameterization
      • Average and its generalization

  • 25 April - 1 May

    教科書 第1章

    Genotypic risk ratio

    Means

    Generalization and simplex.

  • 9 May - 15 May

    教科書 第2章

  • 16 May - 22 May

    教科書 第2章

  • 23 May - 29 May

    教科書 第3章

  • 30 May - 5 June

    教科書 第3章

  • 6 June - 12 June

    教科書 第4章

  • 13 June - 19 June

    教科書 第6章

  • 20 June - 26 June

    教科書 第6章

  • 27 June - 3 July

    教科書 第まだ5章

    今年度は、講義参加者との試験終了後懇親会の開催はしない予定です。代わりに、7月6日(水)の研究室パーティによろしければおいでください。

    ラボパーティ案内

  • 11 July - 17 July

    教科書 第8章

    • 15 August - 21 August

      前期試験 Exam : July 25 18:15-19:15 (1 hour)

      問題は事前に発表されています。持込み可です。Moodleでのアサインメントの形式で試験をします。アサインメントに提出する形で答えなさい。

      Questions of exam are announced. You can bring anything to the exam room. The Exam takes the form of assignment on Moodle. Report as you do every week.

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      勉強は、自分ができるためにせず、世界の誰かができるようにするためにしましょう。また、何かを1人が理解しても、学問は進みません。試験発表問題についてはそのことに留意して情報を交換してください。そのためにもし役に立つなら、今日のコーナーのWikiエリアも使って構いません。

      We study something not for ourselves but we study something so that anybody else can know it. Another point on studies is that any knowledge possessed by one person is meaningless but knowledge is beneficial to the world (or universe) when it is shared by multiple individuals. Yamada recommends all students to share information among students on the pre-announced exam questions. If the wiki corner in today's site is useful, use it for yourself and for all others.


    • 3 October - 9 October

      Who are the members? Any new member?

      教科書 第7,8章 Chapter 7 Variables, degrees of freedom, dimension, Chapter 8 Distribution

    • 10 October - 16 October

      No class (National Holiday)

      • 17 October - 23 October

        教科書 第108,9章 Chapter 8 Distribution, Chapter 9 Probability and Likelihood

        • Probability and Likelihood
        • Binomial distribution --- Beta distribution
        • Polynomial distribution --- Dirichlet distribution
        • Normal distribution --- Mean and SD
        • Multivariate normal distribution --- Mean vector and SD-matrix
        • Conditional probability
        • 2x2 table
        • 3 or more categories
        • Bivariate normal distribution

      • 24 October - 30 October

        教科書 第10章 Chapter 10 Linkage analysis and probability and likelihood

      • 31 October - 6 November

        教科書 第11章 Chapter 11 Index

      • 7 November - 13 November

        教科書 第12章 Chapter 12 Estimation, Inference

      • 14 November - 20 November

        教科書 第12章 Chapter 12 Bayesian estimation, EM algorithm

      • 21 November - 27 November

        教科書 第13章 Statistical tests and rejection of null hypotheses

      • 28 November - 4 December

        教科書 第14章

      • 5 December - 11 December

        教科書 第15章

      • 12 December - 18 December

        教科書 第15章 数え上げ Enumeration

        1. Permutations and combinations
        2. Partitions (Recurrence relation; Fibonacci)
        3. Tree enumeration
        4. Graph enumeration
        5. Rareness of observation with Monte-Carlo shuffling

      • 19 December - 25 December

        教科書 第16章

      • 16 January - 22 January

        教科書 第17章

      • 23 January - 29 January

        教科書 第17章

        • 30 January - 5 February

          後期試験